Um misterioso meteorito vem em direção à terra. Durante a entrada do meteorito na atmosfera, quase acerta
Rayquaza, o lendário guardião céu e o mais forte dos
dragões, jamais visto no mundo. O meteorito choca em uma zona polar, revelando dois objetos em forma de ovo. Um roxo e um verde. Logo após, o ovo roxo vira um
Deoxys e pega o seu companheiro verde {ainda na forma de ovo}.
Rayquaza desce a partir da camada de ozonio para desafiar aquele que considera um invasor. Uma batalha decorre, destruindo um local de investigação científica e traumatizando um rapaz, assustado por uma debandada de
Spheal,
Sealeo e
Walrein. O
Deoxys roxo, que tem a capacidade de mudar de forma para atacar, defender e esquivar, prende
Rayquaza no meio dos computadores dos pesquisadores e está prestes a vencê-lo, mas é distraído por alguns cargas elétricas provenientes dos computadores quebrados, dando a
Rayquaza 
uma chance de escapar e obliterar o
Deoxys roxo com seu
Hiper Raio {
Hyper Beam}. O
Deoxys roxo volta à forma de ovo e cai no mar, enquanto os pesquisadores pegam o ovo verde. Dentro da água, o
Deoxys ferido se regenera e se prepara para procurar o seu amigo. O ovo verde é levado para
Hoenn algum tempo depois.
Quatro anos mais tarde,
Ash,
May,
Brock e
Max e
viajam para a cidade
Hi-Tech de La Rousse, onde o nosso herói irá lutar na
Batalha da Torre. Lá eles encontram
Tory, o menino que tem medo de
Pokémon devido ao trauma psicológico que adquiriu por causa da debandada causada pela batalha entre
Deoxys e
Rayquaza. O
Deoxys roxo, totalmente curado, sai para localizar o ovo verde que o pai de
Tory testam em laboratório.
Na
Batalha da Torre,
Ash confunde
Tory com um treinador
Pokémon e eles batalham em dupla por engano contra rapazes chamados
Rafe e
Sid,
Tory usando o
Torkoal de
Ash. No entanto, o garoto não sabe como lidar com o
Torkoal de
Ash e eles p
erdem lamentavelmente.
Tory foge da
Torre, parando para salvar um
Minun que estava preso em uma lixeira automática. Mais tard
e,
Ash é apresentado ao pai de
Tory, o
Professor Lund e sua assistente,
Yuko e todas se divertem durante a noite com seus
Pokémon, até que veem uma misteriosa aurora roxa, sinalizando o retorno do
Deoxys roxo.
Quando o este começa a sequestrar todos os habitantes de
La Rousse, a fim de cumprir sua busca pelo ovo verde, se torna a missão de
Ash,
Pikachu e
Tory ajudar
Deoxys a encontrar o ovo verde. Esta tarefa é complicada pelo retorno de
Rayquaza, e para variar, os milhares de robôs de segurança da cidade entram em curto. O amigo
Deoxys é encontrado num jardim e é libertado e toma forma. O lugar transborda robôs de segurança que quase destroem
Rayquaza, mas com a ajuda dos dois
Deoxys, este é salvo.
Abaixo, você lerá sobre o 7º Filme, Alma Gêmea, o segundo da Geração Avançada!
